請求番号とは、1つの資料ごとに割り振られた、固有の番号です。原則として、歴史公文書と寄贈・寄託文書の番号は、「第1分類を表す文字」、「第2分類を表す文字、移管年度の数字または資料群の番号」、「資料ごとの番号」を「‐（半角ハイフン）」で連結し構成されています。行政資料は、「第1分類を表す文字」と「資料ごとの番号」で構成されています。
| 請求番号 | 請求番号の例 | ||
| 第1分類 | 第2分類 | 資料ごとの番号 | |
| 明 【歴史公文書（明治）】 |
第2分類を表すひらがな１文字 | 1~（合本がある場合は枝番で表示。） | 明-あ-20、 明-へ-1-1など |
| 大 【歴史公文書（大正）】 |
第2分類を表す ひらがな１文字 |
1~（合本がある場合は枝番で表示。） | 大-い-2、 大-せ-12-5など |
| 昭 【歴史公文書（昭和戦前）】 |
第2分類を表す ひらがな１文字 |
1~（合本がある場合は枝番で示しています。） | 昭-え-30、 昭-か-25-1など |
| 昭 【歴史公文書（昭和戦後）】 |
第2分類を表す 数字２桁 |
1~ | 昭-01-24など |
| 令 【歴史公文書（令和移管）】 |
移管年度の 数字２桁 |
00001~ | 令-02-70 など |
| 資【行政資料】 | なし | 1~ | 資-100など |
| 寄【寄贈・寄託文書】 | 資料群の番号 | 1~ | 寄-1-50など |
※ 合本のある資料は、「資料ごとの番号」に枝番号で「合本番号」を付したものが請求番号となります。
（例）
第1分類＝明、第2分類＝あ、資料ごとの番号=１（合本なし）の場合→明-あ-1
第1分類＝明、第2分類＝へ、資料ごとの番号=１の合本=１の場合→明-へ-1-1