延暦寺境内寺院円乗院、抹消（明治35年境外へ移転許可）
延暦寺境内寺院青竜寺（山城国）
延暦寺境内寺院安楽律院（安楽院）
延暦寺飛地境内寺院生源寺（坂本村字造木道）
延暦寺飛地境内寺院求法寺（坂本村字走井）
延暦寺飛地境内寺院弘法寺（坂本村字八条）
延暦寺飛地境内寺院大覚寺（坂本村字真葛ケ原）
延暦寺飛地境内寺院戒蔵院（坂本村字真葛ケ原）
延暦寺飛地境内寺院恵日院（坂本村字真葛ケ原）
延暦寺飛地境内寺院赤山禅院（赤山禅寺）（京都府下山城国愛宕郡修学院村）
